Η ζωή στην πόλη Olympus κυλάει κανονικά μετά τα γεγονότα στην πρώτη ταινία Appleseed (2004) με την Deunan και τον Briareos να είναι μέλη της ομάδας E.S.W.A.T. Ώσπου μια
Ο Ryu είναι χαμένος κάπου στην έρημο προσπαθώντας να εκπαιδευτεί και να μάθει να ελέγχει την τεχνική του Dark Hadou, ενώ ο Ken είναι πια βιομήχανος και η πολύ δουλειά
